Syeikh Fadzil dilahirkan pada 18 Jun 1949 di Kampung Pida 7, Jalan Sanglang, Kodiang, Kedah. Beliau menerima pendidikan awal di Pondok Pasir Tumbuh, Kelantan dan Sekolah Agama Pokok Sena, Kepala Batas, Pulau Pinang sebelum melanjutkan pengajian ke Universiti Al-Azhar, Mesir dalam bidang pengajian tafsir dan ulum al-Quran.